Ο βαθμός του Ναυτίλου της Βασιλικής Κιβωτού συγκαταλέγεται μεταξύ των αρχαιοτέρων τεκτονικών βαθμών και πιθανολογείται ότι στοιχεία του περιλαμβάνονταν ήδη στους βαθμούς του Συμβολικού Τεκτονισμού κατά τον 17ο αιώνα. Αν και ο τρόπος λειτουργίας του κατά την περίοδο εκείνη δεν είναι απολύτως γνωστός, ήδη από το 1722 απαντώνται στην Αγγλία οι ονομασίες «Μεγάλη Στοά των Ναυτίλων της Βασιλικής Κιβωτού» και «Εταιρεία των Αρχαίων Τεκτόνων του Κατακλυσμού ή του Ναυτίλου της Βασιλικής Κιβωτού», γεγονός που μαρτυρεί την πρώιμη παρουσία και αναγνώρισή του.
Από το 1871 έως σήμερα, στην Αγγλία, ο βαθμός τελεί υπό την προστασία της Μεγάλης Στοάς του Σήματος. Βασική προϋπόθεση για την απονομή του αποτελεί η ιδιότητα του Διδασκάλου Τέκτονος του Σήματος. Ο υποψήφιος εισέρχεται στη Στοά των Ναυτίλων ως «Νωαχίτης», δηλαδή ως άνθρωπος της μετακατακλυσμιαίας εποχής, ενώ η τελετή φέρει την ονομασία «Τελετή Ανυψώσεως» (Ceremony of Elevation).
Στη Σκωτία, πέραν της ιδιότητας του Διδασκάλου Τέκτονος του Σήματος, απαιτείται ο υποψήφιος να είναι Έξοχος Διδάσκαλος και να κατέχει την Τάξη της Ιεράς Βασιλικής Αψίδος.
Τα Εργαστήρια υπάγονται σε Σώμα με την ονομασία «Αρχαία και Έντιμος Αδελφότης των Ναυτίλων της Βασιλικής Κιβωτού». Επικεφαλής της Αδελφότητος είναι ο Μέγας Διδάσκαλος της Μεγάλης Στοάς των Διδασκάλων Τεκτόνων του Σήματος. Σε αντίθεση με ό,τι ισχύει σε άλλα τεκτονικά Σώματα, δεν υφίστανται Μεγάλοι Αξιωματικοί. Η διοίκηση και οι αποφάσεις ασκούνται αποκλειστικώς από το συλλογικό όργανο που φέρει την ονομασία «Συμβούλιο του Μεγάλου Διδασκάλου της Βασιλικής Κιβωτού».
Κάθε έτος συγκαλείται η ετήσια σύναξη των μελών της Αδελφότητος, κατά την οποία ο Μέγας Διδάσκαλος δύναται να απονείμει την ανώτατη τιμητική διάκριση της Αδελφότητος, τη «Μεγάλη Τάξη», σε Πρώην Σεβασμίους Κυβερνήτες, οι οποίοι, κατά την κρίση του, έχουν προσφέρει εξαιρετικές υπηρεσίες και σημαντικό έργο υπέρ της Αδελφότητος των Ναυτίλων.
Κάθε Εργαστήριο φέρει την ονομασία Στοά Ναυτίλων της Βασιλικής Κιβωτού. Επικεφαλής του είναι ο κατ’ έτος εκλεγόμενος και εγκαθιστάμενος Σεβάσμιος Κυβερνήτης, ο οποίος συμβολίζει τον Νώε. Ο Α΄ Επόπτης παριστά τον νεότερο υιό του Νώε, τον Ιάφεθ, ενώ ο Β΄ Επόπτης παριστά τον Σημ. Ο Χαμ απουσιάζει συμβολικά από το τελετουργικό δρώμενο.
Η σχέση του βαθμού του Ναυτίλου προς τον βαθμό του Σήματος μπορεί να θεωρηθεί ανάλογη με εκείνη που συνδέει τον Εταίρο της Ιεράς Βασιλικής Αψίδος προς τον Διδάσκαλο Τέκτονα. Όπως η Βασιλική Αψίδα ολοκληρώνει και συμπληρώνει τη διδασκαλία του τρίτου συμβολικού βαθμού, έτσι και ο Ναυτίλος διευρύνει και εμβαθύνει τη φιλοσοφική και ηθική διάσταση του βαθμού του Σήματος.
Κατά την Τελετή της Ανυψώσεως, ο υπό Ανύψωση Νωαχίτης διδάσκεται υψηλά ιδανικά αδελφοσύνης, πίστεως, ελπίδας και αφοσίωσης προς τον Δημιουργό, μέσα από έναν συμβολικό μύθο, ο οποίος βασίζεται στα γεγονότα που, σύμφωνα με τη βιβλική αφήγηση, διαδραματίσθηκαν εντός και εκτός της Κιβωτού του Νώε κατά τη διάρκεια του Κατακλυσμού και αμέσως μετά τη λήξη του.
Στην Ελλάδα, ο βαθμός εμφανίσθηκε το 1991, αρχικώς υπό τη μορφή που λειτουργεί στον Τύπο της Υόρκης και υπό την αιγίδα του τότε Μεγάλου Περιστυλίου της Ελλάδος. Με την υιοθέτηση του αγγλικού τυπικού και την ίδρυση της Μεγάλης Στοάς του Σήματος της Ελλάδος το 1993, δημιουργήθηκαν οι προϋποθέσεις για την οργανωμένη ανάπτυξη του βαθμού. Τρία χρόνια αργότερα, οι Αδελφοί που κατείχαν ήδη τον βαθμό εγκαθίδρυσαν τις πρώτες Στοές Ναυτίλων υπό τη σκέπη της Μεγάλης Στοάς του Σήματος της Ελλάδος, συγκροτώντας επισήμως την εν Ελλάδι Αρχαία και Έντιμο Αδελφότητα των Ναυτίλων της Βασιλικής Κιβωτού.